L’Empereur énonça trois principes inviolables au cours de ces conquêtes galactiques : la corruption génétique devait être éradiquée, les Psykers devaient être rassemblés, contrôlés et confiés aux agents impériaux pour être évalués. Enfin, les Xenos hostiles devaient être mis hors d’état de nuire. Triomphant sur tous les fronts, l’Imperium de l’Humanité devint rapidement le plus grand empire de la galaxie. L’Empereur jugea alors que la phase suivante de Ses plans pouvait avoir lieu, c’est pourquoi Il confia le commandement des Légions de Space Marines à Ses Primarques et retourna sur Terra. Horus, le Primarque des Luna Wolves (renommés plus tard Sons of Horus), fut nommé Maître de Guerre et prit la tête de la Grande Croisade.

À l’aube de cette nouvelle ère pour l’Humanité, l’irréparable survint. Se détournant de l’Empereur et de Ses enseignements, le Maître de Guerre Horus commit la trahison ultime et embrassa la cause des Dieux Sombres. Investi par leurs pouvoirs, il déclencha une rébellion qui plongea la galaxie dans la guerre civile.